Nach einem Schwertfund aus der Bronzezeit zu schließen, darf Stockheim als Urort an einem alten Wertachübergang angesehen werden. 1063 wird Stocheim urkundlich genannt, und 1150 ist ein Cunrad de Stocheim bezeugt, offenbar ein welfischer Ministeriale. 1209 bestätigt Papst Innozenz III. dem Kloster Ursberg dessen Besitz in Stockheim. 1245 stiftet der Ritter Johann von Löwenthal für sich und seine Gattin, eine geborene Angelbergerin, Tante der Christina von Fronhofen, durch Übergabe eines Hofes an das Kloster Irsee einen Jahrtag. 1280 übergibt Heinrich von Angelberg, auch ein Verwandter Christinas von Fronhofen, einen Hof in Stockheim an das Kloster Steingaden. 1311 veräußert Heinrich von Berg ein Fischwasser zwischen Stockheim und Türkheim an das Kloster Steingaden. Johann der Waberer, Kirchherr zu Stockheim, sagt mit Bewilligung seines Lehensherrn, des Swigger von Mindelberg, zu, dass die Bürger von Augsburg bei der Mühle zu Stockheim ein Wehr bauen dürfen, damit man auf dem Flusse mit Flößen fahren könne. Gericht, Kirchensatz und Mühle zu Stockheim gehören schon 1363 zur Herrschaft Mindelheim. Um 1430 sind vier Höfe des Klostets Irsee erwähnt, und Pfaff Cunrat ist Kirchherr und Dekan zu Stockheim. Heinz Müller und sein Sohn Heinz bekommen 1426 die Mühle von Ulrich von Teck zu Erbrecht verliehen. Um das Jahr 1800 besitzt die Herrschaft Mindelheim eine Mühle und 38 Güter, Kloster Irsee sechs Güter, Kloster Steingaden vier, Spital Kaufteuren eines, eigen sind sieben Güter, die Pfarrkirche St. Michael, Pfarr- und Mesnerhaus. Die alte Kirche aus dem 15. Jahrhundert war 1694 baufällig, der Neubau wurde vermutlich von Thomas Natter aus Mindelheim ausgeführt, die Weihe erfolgte am 19.01.1704. Das Deckenfresko stammt von dem Augsburger Johann Josef Anton Huber (1793), der neue Hochaltar wurde 1825 errichtet.

Quelle: Band II Landkreis Unterallgäu 1987